Primárním cílem doktorského studijního programu „Ekonomie a ekonometrie“, který je koncipován jako čtyřletý, je vyškolit absolventy schopné samostatného teoretického i empirického výzkumu v ekonomické vědě, přičemž hlavní důraz je kladen na vzájemnou propojenost teoretických a empirických metod. Program uskutečňují společně Centrum pro ekonomický výzkum a doktorské studium UK (CERGE) a Národohospodářský ústav AV ČR, v.v.i. Jedná se o čtyřletý doktorský studijní program v oboru ekonomie, který se zaměřuje na klíčové oblasti ekonomické teorie a ekonometrie. Absolventi oboru s titulem Ph.D. jsou schopni vědeckého výzkumu v oblasti ekonomické teorie a empirie na úrovni zcela srovnatelné s absolventy západoevropských a anglosaských doktorských programů. To představuje mj. schopnost publikovat vlastní výzkum v podobě vědeckých článků v mezinárodně uznávaných impakt-faktorových časopisech a prezentovat ho na mezinárodních odborných konferencích.